Ayasofya ile aynı tarihlerde, 530 yılı civarı yaptırılan yapı, Ayasofya’ya olan mimari benzerliğinin de etkisiyle Osmanlılar tarafından “Küçük Ayasofya” olarak adlandırılmıştır. II. Bayezid devrinde (1481-1512) camiye çevrilmiştir. Bir hamam, iki han, onlarca dükkân ve ev ile dört köyün geliri Küçük Ayasofya Camii’nin giderlerini karşılamak için vakfedilmişti. Küçük Ayasofya Camii bir külliyenin parçasıdır. Külliyenin diğer yapıları türbe ve hazire, hamam, zaviye-medrese ve sıbyan mektebidir.